Система видит все расходы вне зависимости от их способа проводки. Другой вопрос куда оцифруем. Фактический расход всегда попадает в Маржинальность товаров. Чтобы правильно анализировать какие траты по каждому артикулу. Но если пополняете с карты, WB такой расход не передает по фин.отчетам. Прибыль и убытки это строго оцифровка именно по фин.отчетам.

Если WB в фин.отчете не передал расход по Рекламе, как Продвижение WB , значит реклама была оплачена по карте. Такой расход увидите только в разделе Маржинальность товаров.

Если хотите учитывать такой расход в разделе Прибыль и убытки, его можно занести вручную.

Ссылка на инструкцию, как создать доп.расход https://wiki.sellper.ru/manual_additional_costs