Такие расходы можно занести в разделе Список расходов через кнопку Новый расход
С поле Статья создайте свою статью расхода. Не используйте статьи расхода маркетплейсов, а именно создайте свою, чтобы потом не было путаницы.
Для этого нажмите на поле "выберите статью", пролистайте вниз и добавьте новое значение.
Для того, чтобы такой расход отобразился в разделе Прибыль и убытки обязательно укажите номер документа (можно прописать просто 1) , а так же обязательно укажите к какому магазину относится расход.
Укажите дату распределения такого расхода.