Такие расходы можно занести через кнопку Расходы, которая есть в разделе Прибыль и убытки (PnL), а так же в разделе Маржинальность товаров.

Нажмите на кнопку Расходы-Новый расход

С поле Статья создайте свою статью расхода

Для того, чтобы такой расход отобразился в разделе Прибыль и убытки обязательно укажите номер документа (можно прописать просто 1) , а так же обязательно укажите к какому магазину относится расход.

Укажите дату распределения такого расхода.